在1999年，一艘外星宇宙戰艦墜落到了地球，人們用了了十年的時間修復并取名為MACROSS。2009年，MACROSS要塞正在舉辦一場偶像歌星林明美（飯島真理 配音）的演唱會，突然空襲警報響起，要塞開始了變形。戰斗中，一條輝（長谷有洋 配音）駕駛著變形戰斗救下一名少女，戰機卻由于速度過快撞進外層艙室。安定后，輝發現救得是林明美。倆人相識后，為使明美高興，輝偷開教練機帶著明美去兜風。敵人趁機出現，好在朋友這時挺身相救，經過一場混戰，輝和早瀨未沙（土井美加 配音）醒過來，發現在一個荒蕪的星球上。他們了解到，五十萬年前，一個叫普羅多的古代文明發展到頂盛時，已經可以借遺傳密碼無性繁殖后代，于是國家分裂為由男性組成的杰特拉帝和由女性組成的赫而特蘭帝開始了長達數萬年的戰爭。在戰爭中文明急劇衰退了，曾經偉大的文化被遺忘殆盡，退化成了只會戰斗的種族，為了維護和平，他們將會采取怎樣的行動…… 《超時空要塞》是1982至83年間播出的一部電視動畫，本片在其基礎上精簡改編而成。
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