故事發生在1870年的英國，傳聞中海怪的出沒的消息惹得人心惶惶，各國政府都排遣除了軍艦在大海上巡邏，哪知道這些軍艦均被海怪給擊沉了。阿龍納斯教授（Dan Hanlon 飾）和他的助手康賽爾成為了海難中的幸存者，同時保住了小命的還有魚叉手尼德（Curtis Benton 飾），一行人被鸚鵡螺號潛艇救起，他們也就此認識了潛艇的主人尼莫船長。 尼莫船長久仰阿龍納斯的大名，把他當做上賓接待。但是船長暴躁的個性和激進的手段讓阿龍納斯明白，此地不宜久留。尼莫船長向阿龍納斯展示了自己多年來苦心鉆研的研究成果，亦帶他暢游神秘的海底世界，但阿龍納斯的腦袋里只有一個念頭，那就是逃走。
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