擁有一頭青色頭發的男主角名字將叫作深井 青(フカイ·アオ，這名字在日語中帶有“深青”的意義），是一名13歲少年。青的父親蘭頓·薩斯頓(Renton Thurston、レントン·サーストン)行蹤不明，而母親優萊卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美軍帶走了。由于繼承了母親的特殊基因，使得他能夠看見人眼所不能看到的東西，如粒徑為20nm大小的光粒子，紅外線、紫外線等等（但在外太空這一特殊生理受到限制）。小時與診療所里的老醫生深井 敏夫一同生活，現正在Generation Blue（藍色世代）中。 女主角的名字將是阿拉塔·娜露，同樣是13歲，是與青一同成長的青梅竹馬。娜露因為童年時的事故而使擁有”ユタ”的力量(猶達，是日本沖繩以占卜為職業的靈媒師的名稱)的眼睛醒覺。娜露有能夠聽懂珊瑚巖心聲的特異功能，這是因為珊瑚巖的一部分在她體內成長，從某種程度上來說她和珊瑚巖存在部分融合，但正是因為這樣，導致她自小身體虛弱，需要把氧氣放入在手上的吸氧器，現與父親、妹妹及祖母一同生活中。 本作的舞臺也設定在沖繩的磐戶島上，當時的磐戶島正進行著自治權回復運動，但在某一天，在島上出現的珊瑚巖受到了宿敵白細胞G-Monster的攻擊，而為了保護磐戶島，男主角青與人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并與G-Monster戰斗的故事就此展開。
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