江戶時期的日本，流行一種“百物語”游戲：一群人點起一百盞油燈，然后每個人輪流著講鬼故事，每說完一個故事，就吹熄一盞燈。據說當最后一盞燈被熄滅后，會招來真正的鬼怪。《怪談百物語》以每集一個怪談故事的形式，講述了十一個家喻戶曉的神秘靈異故事。
能親眼目睹妖怪怨靈的陰陽師（竹中直人 飾）是每一集故事的聯結者，他是大陰陽師的后裔，卻生活落魄。他行蹤飄忽，所到之處總會伴隨著各種各樣靈異事件，他總是盡自己的能力去解開謎底、破除惡鬼。某夜，他做了一個可怕的噩夢，第二天發現噩夢竟然成真。隨著事件的發展，一個個陰謀逐漸浮出水面。他慢慢發現，所謂的靈異現象，其實正是人們自己一手造成的……
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