立山國際高中的白羽由希奈，在三人面談后追趕暴風雨般離開的母親·洋海為了送還遺忘的智能手機，朋友荻布美夏也一起到母親的工作場所黑部研究所去。在大廳里順利的把智能手機交給了母親，相識的研究人員、荒俁稔等人說著的話的時候突然火球飛來了，產生的沖擊波將研究所的窗戶玻璃震碎了。在警報鳴響的研究所地基內，身份不明的侵略者同警備員們展開戰斗，打算到地下避難的由希奈的目光停留在了實驗室里方塊發出的奇怪的光上。 立山黑部峽谷在修筑大壩時發現神秘的遺跡。為研究“Artifact”設立了國際聯合黑部研究所。世界各國的首腦聚集在研究所員的孩子就讀的立山國際高中。研究所長的女兒、白羽由希奈也在這里上學。那是2016年的夏天、一名武士再一次蘇醒。
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