自西元20XX年，人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個名叫索哈爾(Zohar)的物體之后，便開始對它進行研究，后來有人重建出來所謂的“神之語言”，并建立電腦程式以啟動原始索哈爾，進行和上位領域的U-DO(上位領域當中的紅色波動存在)連結的連結實驗，但很不幸地，從上位領域流入下位領域的能量造成了事象變移，使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”，人類因而被迫逃亡，離開地球。 到了四千年多后，在故事開始前十五的T.C.4753年，米爾奇亞行星(Miltia)爆發了所謂的米爾奇亞沖突事件，在此次事件當中，米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊，并在沖突事件后消失，但事件的真相卻因為米爾奇亞的消失而不為人知。在事件后，啟動原始索哈爾（后來人類制造出了十二具索哈爾模擬體，因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾）所需的神之語言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標等事物，都被封存在Y資料當中，而Y資料又被封存在百式觀測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識內，然而這么做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪，因此星團聯邦政府(游戲中統治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一個名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保護M.O.M.O.的安全。 另一方面，在米爾奇亞沖突事件結束后的十幾年，也就是大約在游戲EPI開始的時候，當時最大的企業貝克達公司以對抗格諾西斯侵擾的名義，進行對格諾西斯用戰斗兵器KOS-MOS的開發計劃，但和當時多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是，KOS-MOS是個純粹的機械制品。另一方面，在EPI開始時，參與KOS-MOS開發計劃的貝克達公司第一開發局研究人員卯月紫苑，正乘著當時載有還沒正式啟動的KOS-MOS的Woglinde號太空船進行旅途。但沒想到其太空船卻被沖著索哈爾而來的格諾西斯所攻擊，而KOS-MOS也在此時突然啟動，卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關的陰謀，以及會改變人類命運的事件當中……
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