小智（松本梨花 配音）帶著皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續前行在冒險的旅途之中。路上，一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠制造出神奇的時空圓環，帶領大家在不同的地點來回穿梭。 地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了，曾經，在這里發生過一場聲勢浩大的神奇寶貝戰爭，亦是因為這場戰爭，這里才成為了干涸少水的沙漠。在這里，麥亞麗和哥哥巴爾扎（藤原龍也 配音）匯合了，讓大家沒有想到的是，巴爾扎竟然得到了封印著可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中，封印被解開了，那個曾經終結過迪賽魯西坦的可怕怪獸重見天日，而它的真實身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
戶松遙 下野纮 澤城美雪 柿原徹也 早水理沙 中原麻衣 花澤香菜 明坂聰美 福原香織 櫻井真子 三宅健太 小野涼子 佐藤拓也 若本規夫 上田祐司 神田朱未 立木文彥 松本和香子 勝沼紀義 宮川美保 八奈見乘兒 大塚芳忠 島本須美 淺倉杏美 德本恭敏 藤田圭宣 井口祐一
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