這是一部講述國共兩軍和日本侵略者三方為了各自的目標進行的幕后較量，劇中著重描寫了幾方間諜斗智斗勇的過程，是我國第一部描寫戰爭背景下的諜中諜、計中計、情愛與錯愛的軍事懸疑片，故事情節平中求懸，被稱為軍事版《黑洞》。 晨霧籠罩下的華北重鎮安陽車站。由北平秘密返回駐地的太行抗日游擊縱隊司令李萬成，一下火車即被日軍憲兵武裝劫持。前來接站的縱隊參謀長林達飛(我黨地下工作者)突然發現，在劫持李萬成的憲兵隊伍中的女翻譯竟是自己妻子的妹妹趙薔。李萬成的生死兄弟，游擊縱隊副司令關震宇得知司令被日軍劫持，和林達飛積極展開營救，但日本人欲要突破的目標卻是擁兵能戰的關震宇。中國第一個抗日將領被日本人神秘劫持，震驚國民政府，然而令國共雙方都始料不及的是李萬成在被劫持后卻秘密與日本人達成協議，率部兵變，組建日偽武裝皇協軍第一軍，同時裹挾關震宇、林達飛等將領。采取軟硬兼施，逼迫眾將領叛變投敵，成為世人唾罵的漢奸隊伍。李萬成此舉更加引起國民政府最高長官的憤怒，于是懲治漢奸，槍殺李萬成、關震宇、林達飛等計劃一個個出臺，軍統豫北小組負責人“魚鷹”親自率領行動小組實施殺戮計劃。與此同時，日本人也派出代號為“銀狐”的特高科特務潛伏在關震宇身邊，監督日本最高長官部“A計劃”在安陽的順利實施，并破壞國共兩黨的情報組織。八路軍總部為了民族大義，委派了代號“山峰”的地下工作者阻止軍統的殺戮計劃，槍口一致對外，破壞日本人的對皇協軍及關震宇、林達飛等的種種陰謀，保全這支部隊，使之重歸抗日前線。為此，國、共、日三方展開了激烈的間諜戰。 故事情節“懸”過《007》 《兵變·1938》是央視2006年的首部軍事題材大戲，中國電視劇中心對本劇十分重視，匯集了包括攝像、美術、燈光、服裝等各路幕后高手，導演張玉中在按受采訪時稱：“本劇視角獨特、布局巧妙，它一反常態地避開了對戰爭場面的正面描寫，而是把戰爭作為一種創作元素的背景，側重表現在華北重鎮安陽圍繞著‘太行游擊縱隊’生死命運的焦灼狀態下各方勢力的殊死較量。力求始終吸引觀眾去關注各類人物的命運，用一句話講就是，一波未平一波又起，節外生枝……”。編劇 表示，做為我國第一部軍事懸疑片，本劇重點筆墨圍繞各方間諜展開，將意義升華到了特殊的群體——間諜的命運及人生方面。編劇 在概括劇中的間諜特點時表示：“劇中的間諜非漂亮即帥氣，但也都“冷、辣”，對待敵人殘酷果敢，不擇手段，對待愛情溫柔似水，以至于最后兩個女人都為了愛情放棄了自己的生命。”
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